本病需注意与vWD相鉴别，后者因vWF质或量的异常引起血小板功能障碍，可借助于阿司匹林耐量试验，血小板对瑞斯托霉素的诱导无凝集反应及vWF因子抗原(vWF∶Ag)测定等鉴别，1ml正常血浆所含的凝血因子的总量被定义为1个单位的因子，用活性的百分数表示因子的水平，即100%的水平(1U/ml)等于1ml正常血浆中因子的活性，根据FⅧ或FⅨ的水平将血友病分为4型。
1.血友病甲和血友病乙的鉴别诊断 血友病甲与血友病乙的临床出血表现和家族遗传形式类似，两者APTT皆延长，难以鉴别，TGT和纠正试验可以鉴别两者，最可靠的诊断手段是FⅧ∶C测定辅以vWF∶Ag测定和FⅨ∶C测定辅以FⅨ∶Ag测定。
2.与获得性因子缺乏症的鉴别 获得性因子缺乏症常见的是获得性FⅧ缺乏症，而获得性FⅨ缺乏症少见，临床表现和血友病相似，但出血程度较重，较多发生在妊娠女性，恶性肿瘤和免疫功能异常的患者，实验室检查APTT延长，小量的正常血浆不能纠正，测定抑制物滴度可以明确诊断，但应注意的是重型血友病患者长期应用因子替代治疗，可产生因子抑制物，血友病甲发生因子抑制物的发生率远高于血友病乙的发生率，此类患者治疗非常困难，出血死亡率高。
3.与血管性血友病的鉴别 此类疾病特别应与血友病甲相鉴别，其特点是有或无家族史，有家族史者符合常染色体显性遗传或隐性遗传规律，男女均可发病，出血症状类似血友病，实验室检查：出血时间延长，阿司匹林耐量试验阳性，瑞斯托霉素(Ristocetin)诱导血小板聚集，APTT延长，FⅧ∶Ag下降或正常，vWF:Ag减低或正常(如正常需进一步检查是否为变异型)。
