1.外周血象
白细胞总数正常或稍增多。
2.病毒分离
是确诊的主要方法，具有节省，快速和准确的优点，而避免了血清学方法所遇到的血清型繁多的困难。
3.血清学检查
由于血清型繁多，仅在下列情况下才适用：
①已分离出病毒，作为确定血清型时;
②已发现特征性临床表现如流行性胸痛，明显指示采用某些特定抗原(如B组病毒)来检测抗体时;或手，足，口腔病通常由柯萨奇A16型病毒所引起时;
③正在发生由单一血清型病毒引起流行时;
④用于某一特定血清型的血清流行病学调查时。
血清学检查方法中，中和试验是鉴定已分离病毒血清型最特异的方法，但作为检测肠道病毒感染的抗体，则中和试验还不够敏感，而且操作繁复，价格昂贵，患者在病程第2周开始出现中和抗体，2～3周后达高峰，并保持3～6年，补体结合试验的特异性较低，异型抗体出现率较高，但补体结合抗体与中和抗体同时出现，而仅保持2～3个月，可作为近期感染的依据，血凝抑制试验用途不大，因仅1/3肠道病毒产生红细胞凝集素，甚至在同一血清型也可有部分毒株产生而其余毒株不产生红细胞凝集素，最近有报告采用免疫印迹法检测IgM型肠道病毒抗体，阳性率达60%，大多数为群特异性(22/31)，少数为型特异性，有报道以热处理病毒为抗原和以合成多肽为抗原作ELISA法检测IgG抗体，其敏感性(以病毒分离为对照)分别为0.67和0.62，高于补体结合试验，在病毒分离阴性的56例中，IgG-ELISA法双份血清滴度有显著升高者分别为13和19例，适用于临床诊断。
近年来陆续报道用PCR法检测血清中肠道病毒RNA，具有很高灵敏度和特异性，阳性率显著高于细胞培养分离病毒。
从病人咽拭子中分离相同病毒。
